《单机三国志3》的战斗方式与系列前两部作品完全不同，也不同于市面上的任何其它游戏。也正是因为这种过于创新的玩法，游戏的开发进度比原计划推迟了三个月，希望各位玩家见谅，但游戏最终的品质绝对会另您满意。请相信一切的等待与付出终将得到回报。 

游戏中主要的战斗类型分为：对攻，守城，攻城，突袭4种。每个战斗类型的胜负条件不一样，关卡3星获得条件也不一样。
对攻：限定时间内，在已方大帐不失手的情况下，攻破对方大帐，胜利。

攻城：限定时间内，攻破对方的主城，并确保敌人不进入我方后防线，胜利。

守城：限定时间内，保住我方的主城和副城不失守，胜利。

突袭：限定时间内，攻入敌方的大本营达到一定人数，胜利。

战斗前，需要布置阵型（也叫卡组），目前阵型分为魏，蜀，吴，群，全5种。顾名思义，本势力的阵型，只能使用本势力的武将。器械卡和战术卡没有势力之分，可在任意阵型中使用。每个卡组可以包含6-15张卡。
 
每个英雄，器械，战术卡都有各自的能量点，也称为费数，在战斗中，需要消费对应的费数，才能使用这些卡。能量会随着时间增长，也有额外的道具和方法加速能量的增长。
 
游戏中会有不同类型的建筑，破坏他们会有不同的效果，比如击破敌方的兵器库，就可获得攻击加成的buff；击破敌方的粮仓，可以获得额外的能量。

战斗场景分为3路，武将会在放置时的那路行动，不会跨路。
武将可放置在我方半场内的任一一路，战术卡则不受限制。
战术卡的作用范围分为：范围，一条道，和全屏。
武将卡和器械卡在武将和器械消失后会回到卡池，战术卡使用后立刻回到卡池。